Revalidando su desempeño en el torneo anterior, Boca Juniors también ganó el Clausura de 1999. Lo paradójico consistió en que la tarde en que se consagró campeón fue derrotado por Independiente por un categórico 4 a 0. La gran eficacia de Palermo, que en la temporada convirtió 32 goles, fue gravitante en las conquistas del conjunto boquense. Descendieron los equipos de Huracán y Platense.
En re├▒ido torneo, volvi├│ a imponerse River
Muy disputado fue el desarrollo del torneo Apertura de 1999, que en definitiva se adjudicó River Plate con un punto de ventaja sobre Rosario Central, de muy buena campaña, pues los rosarinos ganaron siete partidos consecutivos. A este torneo se incorporaron Instituto de Córdoba y Chacarita Juniors, ganadores del ascenso. El club de San Martín volvió a la categoría principal tras 14 años de ausencia.
